Elle est pour l'instant mal connue mais certaines hypothèses ont été privilégiées ces dernières années :
Le rôle du système nerveux central
. Afférent : au niveau des neurones médullaires, qui seraient responsables d'un phénomène de "wind-up" ou perception anormale et douloureuse de stimuli répétés par rapport aux sujets normaux.
. Efférent : le système inhibiteur descendant de la douleur paraît altéré et ne module pas suffisamment l'activité des neurones médullaires, phénomène mieux connu sous le terme de sensibilisation centrale.
Les techniques de neuro-imagerie fonctionnelle par IRM ont montré que, lors de stimulations non douloureuses les patients FM ont une activité plus importante que les contrôles dans les dans les zones insulaires, pré-frontales, motrices accessoires et cingulaires.
Le rôle du système neuroendocrine et autonomique
L'activité insuffisante du système sérotoninergique entraînerait une dysfonction du système corticotrope. L'hormone de croissance est diminuée pendant la nuit. La perturbation de la phase 4 du sommeil dans la FM, période où elle est normalement secrétée, en serait l'explication. Le système sympathique est hyporéactif au stress.
Le rôle des facteurs génétiques
L'allèle S (short) du gène du transporteur de la sérotonine (neuromédiateur important dans cette affection) est plus fréquemment retrouvé chez les FM que dans la population générale.
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