Sars-CoV-2 : le nouveau variant sud-africain qui affole la planète est déjà en Belgique

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Publié le 26/11/2021

Crédit photo : AFP

Un nouveau variant du Sars-CoV-2, détecté en Afrique du Sud, est suivi de près par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et suscite l’inquiétude. Pour l’instant nommé « B.1.1.529 », il présente de « multiples mutations » et est soupçonné d’avoir un « potentiel de propagation très rapide », selon le virologue Tulio de Oliveira, lors d'un point presse chapeautée par le ministère de la Santé sud-africain.

Pour l’heure, des cas ont été signalés dans le pays, principalement chez des jeunes, selon l'Institut national des maladies transmissibles (NICD), mais aussi au Botswana voisin, à Hong Kong, en Israël et en Belgique. Mais déjà les bourses européennes sont en forte baisse, Paris enregistrant sa pire séance depuis mars 2020 (-4,75%).

Un « profil de mutation différent » des autres variants

Selon les données communiquées par les autorités sud-africaines, une augmentation rapide des contaminations a été observée : de 273 cas le 16 novembre à 1 200 le 25 novembre. Plus de 80 % d'entre eux étaient originaires de la province du Gauteng, région de Pretoria et Johannesburg, où les cas semblaient initialement regroupés. Le taux de reproduction (Rt), évalué à 1,47 pour l’ensemble de l'Afrique du Sud, s’élèverait à 1,93 dans cette province.

Le génome de ce variant B.1.1.529 comporte environ 50 mutations, dont plus de 30 dans la protéine Spike. « Le motif de liaison au récepteur (la partie qui se lie à notre récepteur cellulaire appelé ACE2) comporte 10 mutations (plus importantes que les variants préoccupants précédents) », indique la Pr Sharon Peacock, directrice du consortium COG-UK Genomics, sur Science Media Center (SMC), soulignant la présence d’un « profil de mutation différent des variants connus préoccupants ».

Par ailleurs, le nouveau variant a une mutation qui conduit à « l'échec de la cible du gène S » (ou l'abandon du gène S), ce qui signifie que cette zone du gène, ciblée par les tests PCR et utilisée pour identifier Delta, apparaît faussement négative. Même si ce marqueur n'est pas prédictif pas à 100% du nouveau variant, de nombreux tests PCR sont revenus silencieux pour le gène S en Afrique du Sud, suggérant qu'il est déjà répandu à d'autres provinces du pays. Pour le confirmer, un séquençage est nécessaire.

Pour l’heure, les conséquences des différentes mutations observées et leur combinaison ne sont pas connues, mais plusieurs d’entre elles sont compatibles avec une transmissibilité accrue et d’autres ont été associées dans d'autres variants à l'évasion immunitaire. Des études sont en cours en Afrique du Sud pour évaluer la capacité de neutralisation des anticorps et les interactions avec les cellules T.

Mais, parce qu’il présente un nombre sans précédent de mutations dans le gène de la protéine Spike, cible de la plupart des vaccins, ce variant fait craindre « un plus grand potentiel d'échappement à l'immunité antérieure », alerte l’épidémiologiste britannique de l’Imperial College London, le Pr Neil Ferguson, sur SMC. Le laboratoire allemand BioNTech, partenaire de Pfizer, attend de premiers résultats « au plus tard dans deux semaines », a indiqué une porte-parole à l'AFP.

Plus fort que Delta ?

L’inquiétude porte aussi sur sa potentielle capacité à dépasser le variant Delta. « Il se peut qu'un gros événement de super-propagation lié à B.1.1.529 donne faussement l'impression qu'il supplante Delta », explique Sharon Peacock. Mais ce variant qui se répand déjà en dehors d’Afrique du Sud, pourrait être un signe de sa capacité à rivaliser avec Delta.

De son côté, l’OMS a réuni ses experts pour déterminer si le variant doit être classifié comme « préoccupant » ou « à suivre », a expliqué Christian Lindmeier, un porte-parole de l’OMS, ce 26 novembre, lors d'un point presse. L’Organisation rappelle également que « plusieurs semaines » seront nécessaires pour mieux comprendre B1.1.529 et ses caractéristiques (transmissibilité, virulence, résistance aux vaccins). Elle déconseille pour l’instant de prendre des mesures de restriction aux voyages. Mais plusieurs pays, dont la France, ont déjà annoncé la suspension des arrivées en provenance des pays de l’Afrique australe.