Malgré l'embellie, la vigilance est de mise face aux clusters de variant Delta

Publié le 14/06/2021

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L'Agence régionale de Santé (ARS) du Grand Est a annoncé samedi 12 juin un « plan d'action immédiat » après la détection d'un cluster lié au variant Delta (dit indien) au sein de la Haute école des arts du Rhin à Strasbourg.

Quatre cas positifs ont déjà été identifiés et 43 cas contacts sont « en cours d'investigation », a précisé l'ARS dans un communiqué. Au total, 143 personnes ont été testées. La préfecture du Bas-Rhin a prononcé la fermeture de l'école jusqu'au 16 juin. « C'est clairement une course contre la montre, ce variant est plus contagieux, nous avons donc tout intérêt à casser très vite les chaînes de contamination, qui risquent de se multiplier avec la vie sociale » qui reprend, a déclaré Adeline Jenner, déléguée territoriale de l'ARS dans le Bas-Rhin, au cours d'un point presse.

Le variant Delta est une ombre au tableau de l'embellie que connaît la France sur le front du Covid. Selon le dernier bulletin de Santé publique France (SPF), le taux d'incidence poursuit sa courbe à la baisse avec 68 cas/100 000 habitants (semaine 22), le nombre de nouvelles hospitalisations et de nouvelles admissions en réanimation continue de diminuer. Les effectifs restent tout de même élevés avec, au 8 juin, 14 043 patients hospitalisés, dont 2 407 en soins intensifs.

Un variant peu présent en France, mais dominant à 90 % outre-Manche

Pour l'instant en France, le variant Alpha (dit britannique) reste majoritaire, représentant 74,6 % des cas. Concernant le variant Delta, « aucun élément n'indique à ce jour une circulation importante de ce lignage sur le territoire », indique SPF. Néanmoins, l'autorité sanitaire est préoccupée : « l'apparition de clusters avec transmission autochtone de ce variant indique qu'une telle transmission a commencé en France, ce qui doit conduire à la plus grande vigilance ». Le variant Delta serait 40 à 60 % plus transmissible que le variant Alpha.

Outre-Manche, le variant représente déjà près de 90 % des nouvelles contaminations. Selon Yuliya Kyrychko, mathématicienne à l'université du Sussex interrogée par l'agence britannique « Science Media Centre », la vaccination reste protectrice : « D'après les dernières données, deux semaines après la seconde dose de vaccin, la protection contre les formes symptomatiques dues au variant Delta monte à 80 % ». Les risques d'hospitalisation et de décès sont diminués. « Sur un total de 383 patients hospitalisés avec le variant Delta, seuls 42 (11 %) étaient complètement vaccinés, et sur les 42 décédés infectés avec ce variant, seuls 12 (29 %) étaient complètement vaccinés », détaille son collègue Konstantin Blyuss. Ces résultats poussent le pays dans le choix actuel d'une stratégie de vaccination complète à deux doses.

Le criblage évolue en France

Face à cette menace et à la diversité des variants émergents, la France adapte sa stratégie de surveillance : le criblage initial ciblant les variants préoccupants VOC 20I/501Y.V1 (Alpha), VOC 20H/501Y.V2 (Beta) et 20J/501Y.V3 (Gamma) évolue vers la recherche des mutations d'intérêt. Certaines mutations acquises par le génome du SARS-CoV-2 (E484K, E484Q et L452R) semblent en effet « avoir un impact sur l'échappement immunitaire ou la transmissibilité du virus, d'où la nécessité de les suivre tout particulièrement », indique SPF. L'amélioration de cette stratégie repose sur l'utilisation de nouveaux kits de criblage par les laboratoires.

Les remontées de la base Si-Dep changent par conséquent « avec l'adoption d'une nomenclature spécifique pour chacune des trois mutations d'intérêt », est-il précisé dans un communiqué de l'agence sanitaire. Une période de transition est prévue avant la montée en charge effective de ces nouveaux kits : mais à noter que depuis le 10 juin les données des anciens tests ne sont plus partagées en open data afin de laisser la place aux nouveaux indicateurs, dont les résultats seront partagés à compter du 17 juin.

Dr I.D. avec AFP