Covid-19 : en avril, le variant sud-africain a gagné du terrain sur le variant britannique qui reste majoritaire

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Publié le 19/05/2021

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Crédit photo : Phanie

Après une première analyse de l’évolution des variants en France publiée dans « Emerging Infectious Diseases », des chercheurs de Montpellier mettent en évidence, dans une prépublication dans « Medrxiv », un changement de tendance dans certaines régions françaises, le variant sud-africain semblant prendre le pas sur le britannique, qui reste majoritaire.

Les auteurs se sont penchés sur 36 590 tests réalisés entre le 12 avril et le 7 mai* dans les 13 régions métropolitaines (soit 68,2 % de l'ensemble des tests réalisés sur la période) et sur les données de séquençage par le laboratoire Cerba de 478 échantillons collectés le 30 mars.

Le variant britannique, dominant mais en perte de vitesse

Ce séquençage a permis d’établir la prédominance du variant B.1.1.7 (501Y.V1 ou « britannique ») en France métropolitaine, qui représentait près de 80 % des échantillons collectés le 30 mars. Les autres lignées répandues étaient B.1.351 (501Y.V2 ou « sud-africain ») à 7,9 %, B.1.525 (détectée au Nigeria) à 4,4 % et B.1.214 (originaire d’Afrique et détectée en Belgique) à 2,3 %. Le variant B.1.1.248 (501Y.V3 ou P1 ou « brésilien ») représentait moins de 1 % des échantillons.

Mais les chercheurs ont noté une évolution dans les proportions d’infection associées aux variants britannique (V1) et sud-africain (V2). « Jusqu’ici, V1 avait un avantage de transmission par rapport aux souches antérieures, mais aussi par rapport au variant V2 », explique au « Quotidien » Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS et premier auteur de l’étude, observant un changement au mois d’avril. « En Île-de-France et dans les Hauts-de-France, le V2 se transmet mieux que le V1. Dans un contexte de déclin de l’épidémie, la régression est plus rapide pour le V1 que pour le V2 ».

Pour tenter de quantifier cet avantage de transmission, les auteurs ont scruté les données des régions Île-de-France, Hauts-de-France et Nouvelle-Aquitaine. « Nous avons trouvé un avantage de transmission de 15,8 % en Île-de-France et de 17,1 % dans les Hauts-de-France », détaillent les auteurs. En Nouvelle-Aquitaine, aucune différence significative n'a été observée entre les deux variants.

Un rôle potentiel de l'immunité collective

Deux hypothèses sont avancées pour expliquer cette tendance. D’abord, le troisième confinement pourrait avoir influencé différemment les épidémies liées aux variants britannique et sud-africain. Mais, « on ne s’explique pas pourquoi ce serait le cas », commente Samuel Alizon. Seconde hypothèse, l’immunité croissante de la population, acquise par infection ou par vaccination, affecte plus le variant B.1.1.7 (V1) que le B.1.351 (V2). « Le variant V2 a des propriétés d'évasion immunitaire connues », relèvent les auteurs, soulignant également que « l'Île-de-France étant l'une des régions françaises les plus touchées à ce jour par l'épidémie, il est sensé que l'on y détecte le déplacement de l'avantage de la transmission, car la proportion d'individus à immunité naturelle y est élevée ».

D’autres différences sont constatées entre les deux variants. En termes d'âge, « les patients plus âgés ont tendance à être plus infectés par V1 (notre référence), que par V2 ou B.1.525 », est-il noté. Par ailleurs, parmi les cas hospitalisés, le variant sud-africain apparaît surreprésenté par rapport au variant britannique lors de la période étudiée.

*Depuis le mois d’avril, la directive pour les RT-PCR spécifiques aux variants est de cibler les mutations N501Y et E484K. Dans l’étude, « les échantillons avec seulement la mutation N501Y sont traités comme V1, les échantillons avec les deux mutations comme V2, les échantillons avec seulement la mutation E484K comme B.1.525 et les échantillons sans mutation comme types sauvages (B.1.214 étant rare) », est-il précisé.