Par la Loi du 18 août 1792 l'Assemblée Législative décide de supprimer les congrégations séculières (religieuses y compris enseignantes : universités, facultés, sociétés médicales, etc.) et les confréries. La faculté de médecine est supprimée, mais celle-ci n'avait plus reçu de docteur depuis 1785, l'école de chirurgie ayant alors pris le pas sur elle.
L'année suivante, le 8 août 1793 (20 thermidor, an I), la Convention nationale votait par décret que « toutes les Académies et sociétés littéraires, patentées ou dotées par la nation, sont supprimées ». Le 15 septembre 1793, un décret de la Convention nationale décrétait « la dissolution et la fermeture des Facultés et organisations enseignantes », mettant fin à six siècles d'enseignement en France ; toutes les Facultés de Médecine, Collège de Chirurgie et le Collège de Pharmacie étaient supprimés ainsi que l'Académie de Chirurgie et la société Royale de Médecine. De même, toutes les sociétés scientifiques disparaissaient sur l'ensemble du territoire français.
« Des individus peu instruits se sont érigés en maîtres de l’art »
L'anarchie n'allait pas tarder à s'emparer du monde médical. Il devint alors urgent d'agir et le Directoire, en l'an VI, s'en alarma : « Le public est victime d’une foule d’individus peu instruits qui, de leur autorité, sont érigés en maîtres de l’art, qui distribuent des remèdes au hasard, et compromettent l’existence de plusieurs milliers de citoyens… Ô citoyens représentants, la patrie fait entendre ses cris maternels et le Directoire en est l’organe ! C’est bien pour une telle matière qu’il y a urgence : le retard d’un jour est peut-être un arrêt de mort pour plusieurs citoyens!… Qu’une loi positive astreigne à de longues études, à l’examen d’un jury sévère, celui qui prétend à l’une des professions de l’art de guérir ; que la science et l’habitude soient honorées, mais que l’impéritie et l’ignorance soient contenues ; que des peines publiques effraient la cupidité et répriment des crimes qui ont quelque ressemblance avec l’assassinat ! »
Cabanis, Pinel, Guillotin et de Fourcroy comprirent le message et, sous leur impulsion, une nouvelle loi fut votée qui décide la fusion de la médecine et de la chirurgie et établissait, sur le territoire de la République, trois Écoles de Santé, à Paris, Montpellier et Strasbourg. Elles étaient chargées de former, par priorité, des Élèves de la Patrie, autrement dit des médecins et chirurgiens militaires. Les études médicales prenaient ainsi une orientation nouvelle où l'enseignement clinique prenait une part prépondérante. Chaque école possédait douze chaires.
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