À peine arrivé à Auschwitz, le Dr Joseph Mengele va, avec un zèle peu commun, participer aux sélections des déportés « valides au travail » à l'arrivée des convois. Ne manifestant aucune pitié, il est capable de tuer de sang-froid d'une balle de revolver une mère qui refuse d'être séparée de ses enfants.
Les déportés vont lui " servir " pour ses expériences médicales et, plus particulièrement les jumeaux qu'il fait mettre dans des baraquements à part. Toutes les expériences que Mengele va pratiquer sont aussi dénuées d'éthique qu'elles sont effroyables. Il essaie ainsi de changer la couleur des yeux en injectant divers produits directement dans le globe oculaire ; il essaie aussi de créer artificiellement des « frères siamois » en reliant entre elles les veines de deux jumeaux. Les sujets de ses expériences étaient quasiment toujours exécutés par la suite pour dissection,
" L’Ange de la mort" va également faire des expériences avec les rayons X avec lesquels il stérilise des religieuses polonaises. Mengele multiplie les expériences sauvages et inutiles : tests sur la résistance à la pression, au froid ou au courant électrique par l'administration sur des déportés de chocs à haute tension, transplantation de moelle épinière, castrations, ablation des glandes lymphatiques , injection du bacille de la tuberculose à des enfants en bas âge…
Le catalogue des atrocités commises par Mengele à Auschwitz glace d'effroi : 90 castrations, 10 ablations d'ovaires, une ablation de l'oviducte, la plupart du temps sans anesthésie…
Otto Klein, avait onze ans quand il est arrivé avec son frère jumeau à Auschwitz où il fut immédiatement transféré dans un des baraquements de Mengele. Par miracle, il put réchapper des griffes de l'"Ange de la mort" et il put témoigner ainsi par la suite :
" Nous avions douze ans. Avec nous, le docteur jouait au gentleman. On ne peut rien dire là-dessus. Mengele examinait le nez, les oreilles, la tête, les bras, même le petit doigt… . Nous sommes restés sept mois au camp à une période ou il y avait déjà beaucoup moins d'expériences, la fin de la guerre approchait. Nous ne savons pas exactement ce qu'on nous a fait… Un jour, il a mis un produit dans les yeux et cela m’a brûlé plusieurs jours. Aujourd’hui, je suis malvoyant. Un professeur m’a dit que ma vue avait été endommagée par les expériences. Les premiers jours, nous répondions à des questions administratives, lieu, date de naissance… Nous avons pu garder nos habits, nos cheveux. Au bout du troisième jour, nous avons été tatoués, voyez: A-5332. Le matin, on nous appelait, il fallait aller chez l’ophtalmologue, le dentiste. C’était programmé. Nous avions beaucoup d'examens mais beaucoup moins que les filles…. contrairement aux autres prisonniers, nous , on ne travaillait pas. Mais on vivait face au crématoire III, on voyait des files d'hommes, de femmes et d'enfants et de grandes flammes tout le temps…."
Mengele va aussi s'intéresser au Noma, une maladie qui affectait les enfants gitans. Cette affection touche principalement des enfants souffrant de malnutrition et ayant système immunitaire déficient, beaucoup développant la maladie après avoir contracté une autre maladie comme la rougeole ou la tuberculose . Mengele a essayé de montrer que le Noma était provoqué par une infériorité raciale.
À Auschwitz existait aussi un « jardin d’enfants », avec crèche, bac à sable, balançoires… où étaient regroupés des jeunes enfants de moins de 6 ans. Dans un premier temps, les enfants reçoivent lait, beurre, pain blanc, bouillon de viande et même chocolat. Mengele est même décrit comme bon et gentil. Il apportait jouets et friandises aux enfants qui l'appelaient "papa" ou " mon oncle". Ce jardin d'enfants devient une vitrine de propagande nazie et était souvent visité par les SS de haut rang. En fait les malheureux enfants n'étaient là que pour servir de cobayes aux expériences de Mengele sur la gémellité.
À l'arrivée des Alliés, Joseph Mengele réussit à fuir et à s'embarquer pour l'Amérique du Sud où il vivra, entre Argentine et Brésil, jusqu'à sa mort, en 1979.
Mengele ne fut pas, loin de là, le seul médecin qui réalisa des expériences atroces dans les camps de concentration durant la Deuxième Guerre mondiale comme en atteste ce rapport sur les "Crimes allemands en Pologne " publié à Varsovie en 1948 :
« Il y a des preuves irréfutables qui démontrent que certaines expériences ont été faites sur des hommes vivants. On peut les classer comme suit : expériences visant à l'examen du cancer, expériences de stérilisation, expériences hématologiques et sérologiques. Le plus souvent, des juives étaient employées à cet effet. Beaucoup d'entre elles furent à plusieurs reprises l'objet d'expériences. On constata, après quelques essais, qu'une fois opérées, les femmes n'étaient plus bonnes pour les expériences et dès lors on les expédiait directement aux chambres à gaz.
Les expériences de stérilisation au moyen de rayons étaient l'œuvre du professeur Schumann, de Berlin, lieutenant d'aviation de la Wehrmacht. Beaucoup de femmes vomissaient violemment après de telles expériences, beaucoup moururent peu après. Au bout de trois mois, chaque opérée subissait encore deux opérations de contrôle, pendant lesquelles une partie de leurs organes était incisée afin d'en vérifier l'état. C'est probablement à la suite de transformations hormonales provoquées par ces opérations que les jeunes filles vieillissaient précocement et faisaient l'impression de femmes âgées.
Quant aux hommes, un testicule seulement était soumis à l'insolation. Après cette opération, ils retournaient aux Blocks généraux et, après un repos d'une journée seulement, ils étaient remis au travail, sans qu'on tienne compte de leur état de santé. Beaucoup d'entre eux succombaient à la première expérience. Ceux qui y avaient survécu étaient au bout d'un mois castrés par le même Schumann, qui collectionnait les testicules coupés et les expédiait à Berlin. On choisissait pour ces expériences des hommes et des femmes jeunes et robustes, le plus souvent des juifs de Grèce. Au cours d'une séance, trente femmes environ étaient soumises à l'insolation. De telles séances étaient organisées par Schumann deux ou trois fois par semaine. Mais c'est le Pr Clauberg, gynécologue allemand, qui fut le principal expérimentateur sur des êtres humains vivants. »
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