Le Conseil de Salubrité de la ville de Paris comptait à son origine cinq membres : Antoine Parmentier (le promoteur de la consommation de pommes de terre dans l’alimentation humaine), Nicolas Deyeux (chimiste et pharmacien), Charles Louis Cadet de Gassicourt (pharmacien), Jean-Baptiste Huzard (vétérinaire) et Auguste Thouret (médecin).
À la mort de Cadet de Gaussicourt lui succédera Joseph Pelletier, un des fondateurs de la Société de pharmacie de Paris. Parmi les membres ultérieurs notables, on peut citer le Docteur Emery, professeur d'anatomie et médecin de l'Hôpital Saint-Louis, le Docteur Esquirol, qui présida le Conseil; à partir de 1831, l'hygiéniste Villermé, qui avait fondé en 1829, avec le médecin Parent du Châtelet, les « Annales d'hygiène publique de médecine légale » ou encore le pharmacien Labarraque qui découvrit les propriétés désinfectantes de l'eau de Javel.
Outre l'examen des remèdes et médicaments, le Conseil était aussi chargé d'examiner les demandes des industriels avant tout établissement de fabriques, en vue d'appliquer le décret impérial du 15 octobre 1810 relatif aux Manufactures et Ateliers qui répandent une odeur insalubre ou incommode. L'article 1er dispose ainsi que « les manufactures et ateliers qui répandent une odeur insalubre ou incommode, ne pourront être formés sans une permission de l'autorité administrative », celle-ci étant soit le préfet de police de Paris, soit le maire, soit le Conseil d'État lui-même. Le Conseil de Salubrité de Paris est ainsi chargé de conseiller le préfet de police à cette fin.
Mais une bonne partie des membres du Conseil était liée à la Société d'encouragement pour l'industrie nationale, à commencer par le chimiste et homme d’Etat Chaptal, ce qui ne pouvait être source que de conflits d’intérêt. Ainsi, Marc et Darcet, membres du Conseil et chimistes industriels, furent mis en cause en 1810 pour leurs manufactures de soude, deux des plus importantes de la capitale.
En 1808, le Conseil de Salubrité de la ville de Paris décida de dresser un « tableau des maladies considérées comme causes de mort », qui constitue la première nomenclature de causes de décès élaborés en France à des fins pratiques et administratives et qui permet un classement systématique en 190 rubriques des causes déclarées par les médecins sur les bulletins de décès.
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