« Les animaux, en particulier les animaux sauvages, sont la source de plus de 70 % de toutes les maladies infectieuses émergentes chez les humains, et nombre d'entre elles sont causées par de nouveaux virus », souligne l'Organisation mondiale de la santé (OMS) qui a demandé le 12 avril la suspension dans le monde entier de la vente de mammifères sauvages vivants sur les marchés alimentaires. La transmission de l'animal à l'homme est l'une des pistes privilégiées pour l'origine du Covid et le marché de Wuhan semble avoir été un point important de diffusion des premiers cas.
Que sait-on du risque de coronavirus d'origine animale ? Après l'émergence du SARS-CoV-1 en 2002 et du MERS-CoV dix ans plus tard, un des laboratoires de l'Anses* dirigé par Élodie Monchâtre s'est attelé à rechercher les coronavirus dans la faune sauvage en France dans le cadre du projet Epicorem. « On s'est posé la question pour les rongeurs, d'où émergent des zoonoses en second lieu après les chauves-souris, précise la chercheuse. On s'est aussi intéressé aux hérissons qui sont phylogénétiquement proches de la chauve-souris. Enfin, à la suite d'un papier qui mettait en évidence la présence de coronavirus chez le lapin domestique en Chine, nous les avons aussi recherchés chez celui de la faune sauvage française ».
Résultat des courses : des coronavirus sont bien présents chez toutes ces espèces, mais avec des potentiels d'émergence très variés. Les alpha coronavirus retrouvés chez la chauve-souris sont peu émergents et pas assez prévalents (2,4 % seulement) pour craindre qu'ils puissent être le point de départ d'une pathologie humaine. Chez le hérisson en revanche, les chercheurs ont trouvé des bêta coronavirus, avec une prévalence de l'ordre de 50 % susceptible de présenter un risque pour l'homme.
« On a eu la surprise de retrouver des alpha et bêta coronavirus chez les lapins et des bêta coronavirus chez les campagnols, poursuit Élodie Monchâtre. On a donc des possibilités de recombinaison et des facteurs d'émergence ». En novembre 2020, ce même laboratoire avait identifié un variant du SARS-CoV-2 dans un des élevages de visons en France. Le vison est identifié depuis l'épidémie de SARS-CoV-1 comme un réservoir majeur de coronavirus où ils sont susceptibles de se modifier.
Les souris, ces nouvelles victimes des variants
Quant aux souris, jusque-là épargnées par le SARS-CoV-2 d'origine, les nouveaux variants dits britannique (B.1.1.7), sud africain (B.1.351) et brésilien (P.1) sont capables de les infecter expérimentalement, selon une étude française en prépublication (1). La raison exacte de la meilleure infectiosité chez la souris n'est pas totalement élucidée, sans doute liée à la mutation N501Y de la protéine Spike commune à ces trois variants.
Mais pour Xavier Montagutelli de l'Institut Pasteur qui a dirigé l'étude, ces résultats ne signifient pas que les souris sont devenues un nouveau réservoir viral : il faudrait pour cela qu'elles puissent se transmettre le virus en dehors de toute manipulation en laboratoire. « Mais cela signifie que ces modèles murins pourront être exploités pour la recherche sur ces nouveaux variants », espère-t-il.
Pour les chats domestiques vivant dans des foyers touchés par le Covid-19, il semble qu'ils puissent être infectés par un variant du SARS-CoV-2, d'après des travaux français (2) corroborant des observations faites au Royaume-Uni et aux États-Unis. Mais pour l'heure, les chats ne sont que des victimes collatérales, « il n'y a pas eu de transmission de chat à chat ni du chat à l'homme, insiste Gilles Salvat, directeur général délégué à l'Anses. Les quelques chats examinés n'excrétaient pas le virus par voie respiratoire et très peu par voie digestive. Le chat est pour l'instant un cul-de-sac épidémiologique ».
Alors, sommes-nous cernés par des sources d'émergence de nouveaux variants de coronavirus ? Il semblerait que oui, mais ces nouveaux hôtes ne sont pas le danger le plus immédiat pour le SARS-CoV-2 : « l'homme est l'espèce animale au sein de laquelle le virus circule le plus, rappelle Gilles Salvat. C'est chez lui qu'apparaissent tous les variants récents. Le seul moyen d'éviter l'émergence de nouveaux, c'est de l'éliminer chez l'homme par la vaccination ».
*Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses)
(1) X. Montagutelli et al. biorxiv, mars 2021. doi.org/10.1101/2021.03.18.436013
(2) M. Fritz et al. biorxiv, mars 2021. doi.org/10.1101/2021.03.24.436830
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