Deux nouveaux sous-lignages d’Omicron sous surveillance

Deux nouveaux mutants pourraient-ils supplanter le sous-variant BA.2 d'Omicron, aujourd'hui dominant en Europe et en France ? C’est la question que pose une récente mise à jour de la liste des variants sous surveillance du Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC). En effet, l’instance a indiqué qu’au 21 avril, deux nouveaux sous-lignages d’Omicron découverts au début du mois en Afrique du Sud pouvaient être considérés comme des variants à suivre (variants of interest, VOI) : BA.4 et BA.5.

Un profil génétique à risque

En fait, comme l’a expliqué le 22 avril lors du point presse hebdomadaire de Santé publique France Justine Schaeffer, chargée d’expertise sur les variants du SARS-CoV-2 à l’agence, l’émergence de ces deux sous-variants n’est pas inquiétante en elle-même. « Ces derniers mois, Omicron a circulé à des niveaux très élevés, (une situation propice à) l’accumulation de mutations et de divergences génétiques, et ainsi à l’apparition de nombreux sous-lignages ». Ce phénomène avait d’ailleurs déjà donné lieu à l’émergence, après BA.1, de BA.2.

Cependant, ce qui semble préoccuper l’autorité sanitaire européenne, c’est le profil génétique de BA.4 et BA.5. « Il s’agit de sous-lignages proches de BA.2, mais pas suffisamment pour être considérés comme des sous-lignages de ce sous-variant », précise Justine Schaeffer. Comme le détaille Santé publique France dans son dernier point sur la surveillance des variants émergents du SARS-CoV-2, ces deux clones possèdent sur leur protéine Spike, en plus des caractéristiques habituelles de BA.2, les mutations F486V, R493Q et surtout L452R, « décrite comme un des facteurs associés à la transmissibilité importante du VOC (variant préoccupant, ndlr) Delta ».

Des données obtenues in vitro préoccupantes

Il apparaît d’autant plus « essentiel de déterminer quel impact cette mutation peut avoir dans le contexte génétique d’Omicron » que des données obtenues en laboratoire évoqueraient un potentiel changement de comportement des sous-lignages d’Omicron qui en sont porteurs. « Une étude in vitro suggère des différences de comportement entre des virus Omicron modifiés génétiquement pour inclure ou non la mutation L452R (fusogénicité, infectivité in vitro, clivage de la protéine Spike) », détaille Santé publique France. L’agence admet toutefois le caractère « très préliminaire » de ces résultats, à vérifier « avec des données en vie réelle ».

Or, à ce jour, l’acquisition de cette mutation par BA.4 et BA.5 ne semble pas avoir d’impact en termes de santé publique. Pour le moment, ces deux sous-lignages « ne sont pas associés à une situation épidémiologique ou clinique préoccupante en Afrique du Sud, où ils circulent », rassure Santé publique France.

Encore trop tôt pour observer un impact épidémiologique en vie réelle

Cependant, ce constat reste également à confirmer. Car comme le souligne Justine Schaeffer, « à ce stade, il est difficile de conclure sur les caractéristiques de ces variants car on a encore très peu de cas ». En effet, à l'échelle internationale « au 19 avril 2022, (seules) 234 séquences de BA.4 et 199 séquences de BA.5 ont été (identifiées) », rapporte Santé publique France. Et ces données seraient « à prendre avec prudence », du fait de confusions potentielles avec « des séquences BA.2 de mauvaise qualité ».

Quoi qu’il en soit, ces sous-variants circulent pour l'heure peu en Europe, où « quelques cas » auraient néanmoins été détectés, indique Justine Schaeffer. En France, seuls un cas d’infection par BA.4 et deux cas d’infection par BA.5 auraient été enregistrés. Des cas qui ne présenteraient, selon l’experte, « aucune caractéristique constituant une source d’inquiétude ».